Nhiều trường MNTT được xây dựng với cơ sở vật chất khang trang nhưng số phòng học “bỏ hoang” còn nhiều. Nguyên nhân là do thiếu giáo viên. Bên cạnh đó, nhiều cơ sở MNTT chưa chú trọng dạy học theo chương trình của Bộ GD&ĐT, chỉ đơn thuần là nuôi dưỡng, chăm sóc khiến trẻ cũng thụ động hơn so với các trẻ ở trường công lập.