Sau gần hai năm đưa vào vận hành, Hệ thống thông tin giám định BHYT đã góp phần quan trọng trong việc kiểm soát, giám sát thực hiện các dịch vụ y tế của các cơ sở y tế và người tham gia BHYT. Các ứng dụng về công nghệ thông tin đã hỗ trợ đắc lực để giám sát, cảnh báo những vấn đề bất thường, cung cấp thông tin cho các cơ sở y tế để hoàn thiện và đảm bảo quyền lợi cho người bệnh.
Giá thuốc đấu thầu chênh nhau giữa các tỉnh và chênh nhau ngay trong cơ sở khám chữa bệnh (KCB) của một tỉnh; chỉ định rộng rãi dịch vụ kỹ thuật; chi phí vị thuốc đề nghị thanh toán BHYT chênh lệch nhiều so với chi phí vị thuốc thực tế sử dụng… là những bất cập mà BHXH Việt Nam chỉ ra tại các cơ sở KCB y học cổ truyền.