Hằng năm, vấn đề ngập úng đã gây ảnh hưởng đến cây mía trong vùng nguyên liệu. Ngập úng kéo dài làm cho bộ rễ mía dễ chết, thối; cây mía dễ đổ ngã, lá mía hư hại, dẫn tới hoạt động quang hợp bị ảnh hưởng, trọng lượng cây giảm.