Trên địa bàn tỉnh Tây Ninh có hai sông lớn chảy qua, tuy nhiên, sông Vàm Cỏ Đông và sông Sài Gòn đều đã có dấu hiệu của sự ô nhiễm. Ở sông Vàm Cỏ Đông, chất lượng nước trong những năm gần đây có dấu hiệu bị ô nhiễm ngày càng nghiêm trọng, có xu hướng tăng dần về phía hạ nguồn, đặc biệt là ô nhiễm chất hữu cơ.