Bên cạnh những mặt đạt được, năm 2021, nông nghiệp Tây Ninh đối mặt với nhiều khó khăn, hạn chế. Tăng trưởng kinh tế nói chung và tăng trưởng ngành Nông nghiệp của tỉnh nói riêng còn chưa cao, cơ cấu lại nông nghiệp vẫn chậm.