Tổng cục Thuế đã phát hiện khoảng 100.000 cá nhân chịu thuế nằm rải rác ở các địa phương đang dùng chung 50.000 số chứng minh thư. Sự cố này ảnh hưởng đáng kể tới tiến độ cấp mã số thuế cá nhân.
Chứng minh thư được coi là căn cứ bắt buộc để khai báo hồ sơ thuế.

Tính đến hết tháng 4, chỉ tính riêng trên địa bàn tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu trong 3 tháng thực hiện cấp mã số thuế đã phát hiện 500 trường hợp.

Cục Thuế TP HCM cũng ghi nhận tình trạng khi nhân viên nhập dữ liệu người đăng ký mã số thuế vào hệ thống, cứ vài trăm người làm thủ tục cấp mã số thuế lại có một trường hợp bị trùng số chứng minh thư. Điều này làm chậm tiến độ cấp số vì hệ thống khai báo không chấp nhận những trường hợp bị trùng. Cơ quan thuế và người làm thủ tục kê khai phải thực hiện thêm một thao tác là liên hệ với cơ quan công an xác minh và thực hiện rất nhiều thủ tục khác nữa mới hoàn tất việc cấp mã số thuế.

Tình trạng này cũng xảy ra ở phòng kê khai kế toán thuế Cục Thuế Đồng Nai. Theo giải thích từ cơ quan thuế Đồng Nai, việc trùng số chứng minh thư nguyên nhân sâu xa từ 30 năm trước... Năm 1979, sau khi thành lập đặc khu Vũng Tàu - Côn Đảo được tách từ tỉnh Đồng Nai, Bộ Công an cho phép Công an đặc khu Vũng Tàu - Côn Đảo cấp chứng minh thư từ số 271450001 đến số 271500000. Trong khi đó, Công an Đồng Nai vẫn dùng những số chứng minh thư trên để cấp cho người dân của tỉnh mình.

Trước tình trạng trên, cơ quan thuế đã áp dụng giải pháp trước mắt linh động thêm các ký tự vào sau chứng minh thư cấp mã số thuế cho người dân để họ thuận lợi trong việc kê khai thu nhập và giảm trừ gia cảnh. Sau đó, cơ quan thuế phải phối hợp với cơ quan công an để xác minh lại.

Trên thực tế, trong quá trình xây dựng hệ thống khai báo quản lý thuế, rất nhiều ý kiến đề xuất nên sử dụng chứng minh thư làm mã số thuế để giảm bớt chi phí cho ngành thuế và nhân dân. Tuy nhiên, theo một lãnh đạo của Tổng cục Thuế thì chứng minh thư và mã số thuế thuộc 2 ngành quản lý khác nhau và 2 ngành này chưa có mối liên hệ với nhau về mặt quản lý và sử dụng. Hơn nữa Bộ Công an cũng chưa có hệ thống quản lý tập trung, dẫn đến việc trùng chứng minh thư giữa các cá nhân khác tỉnh.

Điểm khó khăn nữa là theo quy định, chứng minh thư mất có thể cấp mới nhưng theo Luật Thuế thu nhập cá nhân thì mã số thuế mất thì không được cấp lại. "Ngoài ra, chứng minh thư chỉ được cấp cho đối tượng có độ tuổi từ 15 trở lên trong khi mã số thuế có thể cấp cho mọi đối tượng có thu nhập chịu thuế. Do vậy, ngành thuế không chọn phương án cấp mã số thuế trùng với chứng minh thư", vị quan chức này nói.