Để duy trì công tác khám, chữa bệnh, các đơn vị KCB Nhà nước phải sử dụng tiền mua thuốc của các công ty cung ứng thuốc trả cho các chi phí nêu trên, dẫn đến tình trạng nợ tiền kéo dài, nhiều công ty khi trúng thầu thuốc vẫn không cung cấp theo thoả thuận khung đã ký.