Thông tin từ cơ quan điều tra, từ năm 2005, Lê Công Định đã móc nối với Nguyễn Sỹ Bình (đối tượng cầm đầu tổ chức phản động lưu vong “Đảng nhân dân hành động” tại Mỹ và “Đảng dân chủ Việt Nam”, bí danh “chị hai”) và là thành viên chủ chốt trong nhóm đối tượng chống đối do Bình chỉ đạo hoạt động với mục đích chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam qua phương thức: lập các tổ chức chính trị đối lập như “Đảng lao động” và “Đảng xã hội” để tập hợp lực lượng.

Lê Công Định với bí danh “chị Tư”, được phân công phụ trách cải cách hành chính: ủng hộ về luật pháp cho các tổ chức chính trị phản động ở trong nước; phối hợp phát triển tổ chức ở trong nước; liên hệ với tổ chức “Việt Tân” và nhóm hành động, được gọi là “nhóm nghiên cứu Chấn” do Trần Huỳnh Duy Thức (bí danh “chị Ba”) trực tiếp chỉ đạo tại TP. HCM.

Tham gia tổ chức phản động này, Lê Công Định có vai trò tham mưu, đường hướng hoạt động cho số đối tượng chống đối ở trong nước như Nguyễn Văn Đài ở Hà Nội, Nguyễn Văn Hải, Nguyễn Tiến Trung ở TP. HCM, tham mưu góp ý xây dựng cương lĩnh của tổ chức “Tập hợp thanh niên dân chủ”, một số tổ chức phản động lưu vong ở Mỹ và châu Âu.

Lê Công Định đã nhiều lần sang Mỹ, Thái Lan gặp Nguyễn Sỹ Bình bàn bạc, đánh giá những vấn đề kinh tế, chính trị của Việt Nam và đề ra kế hoạch chuẩn bị cho thời điểm Việt Nam xảy ra “biến động chính trị”, lật đổ chế độ cộng sản mà y dự kiến là vào năm 2010. Y cũng trực tiếp tham gia biên soạn cuốn sách mang tính chất cương lĩnh hành động của nhóm mang tựa đề “Con đường Việt Nam”; soạn thảo “Tân Hiến pháp” mới cho Việt Nam.

Ngoài ra, Lê Công Định có quan hệ chặt chẽ với một số đối tượng cầm đầu, cốt cán của các tổ chức phản động lưu vong, như Hà Đông Xuyến (tổ chức “Việt Tân”), Phạm Nam Định (nhóm “Họp mặt dân chủ”), Đoàn Viết Hoạt (nhóm “Viễn tượng Việt Nam”), được các thế lực thù địch và bọn phản động lưu vong chấm chọn đưa ra nước ngoài tham gia khoá huấn luyện về phương thức “đấu tranh bạo động” để làm nòng cốt cho "phong trào dân chủ” ở trong nước.

Từ 2005 đến nay, Lê Công Định đã biên soạn hàng chục tài liệu đăng tải trên các đài, báo, trang web thù địch ở nước ngoài với nội dung công khai tuyên truyền xuyên tạc đường lối, chính sách, pháp luật của Đảng, Nhà nước; kêu gọi thay chế độ Đảng Cộng sản lãnh đạo, lợi dụng các vấn đề nhạy cảm như bauxite Tây Nguyên, Hoàng Sa - Trường Sa để kích động tư tưởng chống đối Đảng, Nhà nước.

Lê Công Định cũng tham gia bàn bạc trong loạt tài liệu do Trần Huỳnh Duy Thức biên soạn có nội dung bôi nhọ Thủ tướng, một số đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước… và lợi dụng việc bào chữa cho một số đối tượng chống đối (Nguyễn Văn Đài, Lê Thị Công Nhân, Nguyễn Văn Hải) để thực hiện ý đồ biến các phiên toà thành “diễn đàn” tuyên truyền chống chế độ, xuyên tạc chống lại Hiến pháp và pháp luật của nước CHXHCN Việt Nam.

Căn cứ các tài liệu của Lê Công Định do Trung tâm Điện toán - Truyền số liệu Khu vực II cung cấp và quyết định trưng cầu giám định của Cơ quan ANĐT ngày 5.12.2008, cơ quan chức năng đã kết luận tài liệu của Lê Công Định có những nội dung phản động, tuyên truyền chống phá nước CHXHCN Việt Nam, vi phạm các quy định tại khoản 1, 2, 4 Điều 10 của Luật Xuất bản và Luật Báo chí nên đã kiến nghị xử lý theo pháp luật.