Trong chiến dịch bảo vệ chủ quyền quần đảo Trường Sa năm 1988, Lữ đoàn đã tổ chức các biên đội tàu tuần tra, canh gác, cắm cờ xác định chủ quyền của Tổ quốc trên 5 bãi đá ngầm, góp sức cùng đơn vị bạn ngăn chặn hành động của nước ngoài lấn chiếm, vi phạm chủ quyền vùng biển, đảo của ta.