Tây Ninh có 2 tuyến sông chính là sông Vàm Cỏ Đông, sông Sài Gòn chạy dọc từ Bắc xuống Nam; đồng thời với hệ thống kênh, rạch khá phong phú. Trong đó, chiều dài sông, rạch có thể khai thác vận tải là 422,8km. Ngoài ra, còn có lòng hồ Dầu Tiếng với 27.000 ha diện tích mặt nước, sức chứa hơn 1,5 tỷ mét khối nước.