Do ảnh hưởng của dịch bệnh Covid-19, 9 tháng đầu năm 2020, tình hình hàng hóa quá cảnh qua Cửa khẩu quốc tế Mộc Bài giảm đáng kể. Có khoảng 124 ngàn lượt phương tiện các loại qua lại cửa khẩu phải chịu phí, trong đó gần 61 ngàn lượt xe quá cảnh, còn lại là xe khách, xe vận tải hàng hóa xuất, nhập cảnh và xe vận tải hàng hóa tạm nhập tái xuất...
Từ 23 giờ 59 phút ngày 20.3.2020, Campuchia sẽ tạm ngưng nhập cảnh hai chiều đối với công dân Việt Nam sang Campuchia cũng như công dân Campuchia sang Việt Nam theo đường bộ, thủy và hàng không.
Kể từ 0 giờ ngày 21.3.2020 tổ chức cách ly tập trung đối với tất cả người nhập cảnh từ các quốc gia, vùng lãnh thổ vào Việt Nam.
Năm 2019, với tổng số gần 235 ngàn lượt phương tiện qua lại cửa khẩu phải chịu phí, Cửa khẩu quốc tế Mộc Bài (ấp Thuận Tây, xã Lợi Thuận, huyện Bến Cầu) thu phí đạt hơn 290 tỷ đồng.
Trong năm 2018, Cửa khẩu quốc tế Mộc Bài đã thu phí được hơn 221,3 tỷ đồng, vượt chỉ tiêu tỉnh giao.
Tỉnh sẽ tận dụng cơ hội cửa ngõ hành lang kinh tế xuyên Á, với nhu cầu quá cảnh hàng hoá của các KCN của tỉnh Svay Rieng (Vương quốc Campuchia) ra các cảng tại TP.HCM, Mộc Bài có thể phát triển mạnh dịch vụ kho bãi, giao nhận, vận chuyển hàng hoá. Đây sẽ trở thành động lực mới để thu hút đầu tư phát triển. Đồng thời, đẩy nhanh phát triển các KCN trong khu kinh tế, tích cực mời gọi đầu tư vào KCN…