Việc dự án cảng cạn Mộc Bài chậm tiến độ thi công và đưa vào hoạt động vừa không đáp ứng được nhu cầu cấp thiết của Cửa khẩu quốc tế Mộc Bài, vừa ảnh hưởng đến lộ trình hiện đại hoá công tác hải quan ở cửa khẩu này. Nhà đầu tư đã đưa ra nhiều lý do khiến dự án không được triển khai đúng kế hoạch. Tuy nhiên, hệ quả của việc này cần được giải quyết sớm.