Bắt nguồn từ vùng đồng bằng trũng thấp ở nước bạn Campuchia, sông Vàm Cỏ Đông chảy vào Tây Ninh theo hai nhánh, gặp nhau ở Vàm Trảng Trâu, thuộc xã Biên Giới, huyện Châu Thành.