Hầu hết các đơn vị kinh doanh thực phẩm sạch đều cho rằng, đây là hình thức kinh doanh tốn kém và khó duy trì nếu không có nguồn khách hàng ổn định. Khó khăn lớn nhất là xây dựng được niềm tin về thực phẩm sạch với người tiêu dùng.